대구지방환경청 및 경북대학교 울릉도·독도연구소와 합동으로 독도 등 도서지역의 생태계 보전에 관한 특별법에 의한 특정도서 제1호인 독도의 생물다양성을 보전하고 효율적인 관리체계를 구축하기 위하여 정부차원의 지속적인 모니터링을 할 계획이다.
특정도서 현황은 전국 153개소(인천 우도, 경남 홍도 등)이다.
독도는 고유의 생태계를 보유하고 있어 지구온난화를 예측하고 조사할 수 있는 최적지임은 물론 괭이갈매기와 같은 동해안에 서식하는 새의 번식지로서, 동해를 남북으로 이동하는 새의 쉼터로서 중요한 역할을 하는 생태계의 보고이다.식물상은 왕김의털, 섬괴불나무, 섬초롱꽃 등 49종이 관찰되고 이 중 큰 이삭풀, 까마중, 흰명아주, 참소리쟁이 등 19종의 외부유입종 및 식재종이 존재하고 있다.
식재종(5종)은 동도(해송, 무궁화, 큰보리장나무, 섬괴불나무), 서도(왕호장군)이며 조류는 멸종 위기종인 매와 올빼미, 고니, 물수리 등이 있고, 천연기념물인 황조롱이 등을 비롯한 희귀한 종들이 다수 서식하고 있으며, 총 107종의 조류가 관찰되고 있다.
그러나 극상의 원시생태를 유지하고 있던 독도가 각종 인위적인 영향으로 인해 큰이삭풀, 흰명아주와 같은 여러 종류의 외부 유입종이 서식하는 등 고유 식생이 훼손되고 있으며, 현재 2차천이가 진행되고 있는 것으로 추정된다.
환경부는 이처럼 생태적으로 천이가 진행되고 있는 독도의 고유생태계를 보전하기 위해서 인간의 교란과 기후의 변화가 독도의 식생에 미치는 영향,갈매기, 슴새 등의 과다번식이 척박한 토양의 독도 자생식물에 미치는 영향,독도 서식조류의 생존·번식조건 및 적정밀도등에 대한 정밀하고도 지속적인 모니터링을 통해 독도 자연생태계에 대한 보전대책을 수립하겠다고 밝혔다
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